Persistance et évolution du SRAS-CoV-2 chez un hôte immunodéprimé


Traduction par Bernnard de https://www.nejm.org/doi/pdf/10.1056/NEJMc2031364?articleTools=true

Cet article avait été cité par AntonioSan dans le Bistrot à Corona. Comme le Professeur Raoult en parle dans sa dernière vidéo, il est d’autant plus intéressant d’en livrer une traduction. Pour l’instant, il n’est pas possible d’importer les images associées à l’article mais vous pouvez les consulter dans l’article original.

Un homme de 45 ans atteint du syndrome des antiphospholipides graves, compliqué par une hémorragie alvéolaire diffuse, qui recevait une anti-coagulation, des glucocorticoïdes, du cyclophosphamide, du rituximab intermittent et de l’eculizumab, a été admis à l’hôpital avec de la fièvre. (Fig. S1 de l’annexe supplémentaire, disponible avec le texte intégral de la présente lettre à NEJM.org). Le jour 0, la COVID-19 a été diagnostiquée au moyen d’un test de rétrotranscription de réaction de polymérase en chaîne du SRAS-CoV-2 (RT-PCR) sur un échantillon d’écouvillon rhino-pharyngé, et le patient a reçu un traitement de 5 jours de remdesivir (ill. S2). Les doses de glucocorticoïdes ont augmenté en raison d’une hémorragie alvéolaire diffuse présumée. Il a été libéré le jour 5 sans besoin d’oxygène supplémentaire.

Du 6e jour au 68e jour, le patient a été mis en quarantaine seul à la maison, mais pendant la période de quarantaine, il a été hospitalisé trois fois pour des douleurs abdominales et une fois pour de la fatigue et de la dyspnée. Les admissions ont été compliquées par une hypoxémie qui a causé des problèmes d’hémorragie alvéolaire diffuse récurrente et a été traitée avec des doses accrues de glucocorticoïdes. Les valeurs du seuil du cycle RT-PCR (Ct) du SRAS-CoV-2 sont passées à 37,8 le jour 39, ce qui suggère de résoudre l’infection (tableau S1). 2,3

Le jour 72 (4 jours après l’admission à un autre hôpital pour une hypoxémie), le test RT-PCR d’un écouvillon nasopho-érythémateux était positif, avec une valeur Ct de 27,6, ce qui causait une récidive de la COVID-19. Le patient a de nouveau reçu du remdesivir (un cours de 10 jours), et les tests RT-PCR subséquents ont été négatifs.

Le jour 105, le patient a été admis pour cellulite. Le jour 111, une hypoxémie s’est développée, nécessitant finalement un traitement à haut débit d’oxygène. Étant donné les risques d’hémorragie alvéolaire diffuse récurrente, l’immunosuppression du patient a été intensifiée (figures S1 à S3). Au jour 128, la valeur Ct du RT-PCR  était de 32,7, ce qui a causé des inquiétudes pour une deuxième récidive de la COVID-19, et le patient a reçu un autre traitement de 5 jours de remdesivir. Un test RT-PCR subséquent a été négatif. Étant donné le déclin respiratoire continu et la préoccupation d’une hémorragie alvéolaire diffuse continue, le patient a été traité par immunoglobuline intraveineuse, cyclophosphamide intraveineux et ruxolitinib quotidien, en plus des glucocorticoïdes.

Au jour 143, la valeur RT-PCR Ct était de 15,6, ce qui a suscité des inquiétudes pour une troisième réapparition de la COVID-19. Le patient a reçu un cocktail d’anticorps CoV-2 contre la protéine de l’épi SRAS-CoV-2 (Regeneron). Le jour 150, il a subi une intubation endo-trachéale à cause de l’hypoxémie. Un échantillon de lavage broncho-alvéolaire au jour 151 a révélé une valeur RT-PCR Ct de 15,8 et a fait pousser Aspergillus fumigatus. Le patient a reçu remdesivir et des agents antifongiques. Le jour 154, il est mort d’un choc et d’une insuffisance respiratoire.

Nous avons effectué des essais quantitatifs de la charge virale du SRAS-CoV-2 dans des échantillons respiratoires (nasopharyngés et expectorés) et dans le plasma, et les résultats concordaient avec les valeurs RT-PCR Ct, atteignant 8,9 log10 copies par millilitre (fig. S2 et tableau S1). Les études sur les tissus ont révélé les plus hauts niveaux d’ARN du SRAS-CoV-2 dans les poumons et la rate (figures S4 et S5).

L’analyse phylogénétique concordait avec une infection persistante et une évolution virale accélérée (figures 1A et S6). Les changements d’acides aminés étaient principalement dans le gène transitoire et le domaine de liaison des récepteurs, qui représentent respectivement 13 % et 2 % du génome viral, mais hébergeaient 57 % et 38 % des changements observés (fig. 1B). Des études d’infectivité virale ont confirmé la présence d’un virus infectieux dans des échantillons naso-pharyngés prélevés aux jours 75 et 143 (fig. S7). L’immuno-phénotypage et les réponses spécifiques aux lymphocytes B et T du SRAS-CoV-2 sont présentés dans le tableau S2 et les figures S8 à S11.

Figure 1 (page en face). SARS-CoV-2 Whole-Genome Viral Sequencing from Longitudinally Collected Nasopharyngeal Swabs.

Le panneau A montre un arbre phylogénétique à probabilité maximale avec des séquences de patients (flèche rouge) à quatre points temporels avec des niveaux élevés de charges virales du SRAS-CoV-2 (T0 indique les jours 18 et 25; T1 jours 75 et 81; T2 jours 128 et 130; et les jours T3 143, 146 et 152), ainsi que des séquences représentatives de l’État (États-Unis : MA), du pays (États-Unis : tous), de l’Asie, de l’Europe et d’autres (Afrique, Amérique du Sud et Canada). L’échelle représente 0,0001 substitutions de nucléotides par site. L’encart montre les valeurs du seuil du cycle RT-PCR (Ct) du SRAS-CoV-2 RT-PCR naso-pharyngé et lavage broncho-alvéolaire; la ligne pointillée horizontale représente le seuil de positivité à 40, et les lignes pointillées rouges verticales représentent les jours de séquençage viral (jours 18, 25, 75, 81, 128, 130, 143, 146 et 152). Le panneau B montre les emplacements des suppressions et des mutations synonymes et non synonymes chez le patient à T1, T2 et T3 par rapport à T0. CP dénote le domaine cytoplasmique, l’enveloppe E, le peptide de fusion FP, le HR1 heptad repeat 1, HR2 heptad repeat 2, N nucleocapsid, NTD N-terminal domain, ORF open reading frame, RBD ­receptor-binding domain, RdRp RNA-dependent RNA polymerase, S1 subunit 1, S2 subunit 2, et TM transmembrane domaine.

Bien que la plupart des personnes immunodéprimées éliminent efficacement l’infection au SRAS-CoV-2, ce cas met en évidence le potentiel d’infection persistante et d’accélération de l’évolution virale associée à un état immunodéprimé.

 


46 réponses à “Persistance et évolution du SRAS-CoV-2 chez un hôte immunodéprimé”

  1. Et comme le soupçonne fortement le Pr. Raoult, le remdesivir est un agent mutagène probablement cause des réinfections à répétition chez le patient. Il est fait aussi mention de la charge virale très élevée; peut-être que simplement une thérapie à base de protocole Raoult ou variant ivermectine aurait pu faire quelque chose, même sur ce sujet fortement immunodéprimé.

  2. scaletrans (#3),
    C’est tout de même un comble.
    Dés qu’on parle d’utiliser les OGM, les pesticides, le nucléaire…, d’émettre du CO2… les écolos se hérissent et n’hésitent pas à insinuer que nous jouons avec le destin de l’humanité et quand nous voyons des nouvelles molécules, des nouvelles techniques de vaccination qui apparaissent avec des études d’impact sommaires et on ne les entend pas..
    Décidément, le principe de précaution est à géométrie variable !

  3. Bernnard (#4),
    Pour les italophones vous trouverez dans cet article du Monde , la vidéo de 2015 critiquant les manipulations labo
    https://www.infos.fr/en-direct/monde/2020/03/26/coronavirus-tj-italien-2015-virus-cree-en-laboratoire/

    Sinon , vous pouvez allez là
    https://www.20minutes.fr/societe/2756467-20200407-coronavirus-non-journal-televise-italien-2015-prouve-covid-19-cree-laboratoire
    Coronavirus : Non, ce journal télévisé italien de 2015 ne prouve pas que le Covid-19 a été créé en laboratoire
    Le complotisme gagne ; mais je suis d’accord , Big Pharma et Bill Gates jouent avec le feu et Joe Bidon va leur donner un peu plus de sou comme annoncé , et retrouver Macron dans l’accord de Paris sur le climat

  4. « Bien que la plupart des personnes immunodéprimées éliminent efficacement l’infection au SRAS-CoV-2, ce cas met en évidence le potentiel d’infection persistante et d’accélération de l’évolution virale associée à un état immunodéprimé. »

    Cette formulation me gêne. Si quelqu’un peut m’expliquer ce qu’elle veut dire pour les immunodéprimés par rapport au reste de la population, je suis preneur.

  5. scaletrans (#7),
    Dans l’original il y a un discret « 5 » en exposant, qui renvoie vers cette référence :

    5. Helleberg M, Utoft Niemann C, Sommerlund Moestrup K, et al. Persistent COVID-19 in an immunocompromised patient temporarily responsive to two courses of remdesivir therapy

    Le remdesivir est mis en cause.

  6. Bernnard (#4),

    C’est tout de même un comble.
    Dés qu’on parle d’utiliser les OGM, les pesticides, le nucléaire…, d’émettre du CO2… les écolos se hérissent et n’hésitent pas à insinuer que nous jouons avec le destin de l’humanité et quand nous voyons des nouvelles molécules, des nouvelles techniques de vaccination qui apparaissent avec des études d’impact sommaires et on ne les entend pas..

    Herté07 (#11),

    au moins une exception Mme Rivasi députée européenne EELV

    Comme quoi il y a une limite à tout, même à la bêtise chez les écolos. A part peut-être Madame Rivasi ( pour parodier Renaud).
    Bon j’ai le droit de ne pas adhérer aux thèses complotistes qui prospèrent ici sur ce sujet et qui ne font pas honneur à la science.

  7. Herté07 (#11), compte tenu du nombre de députés européens il est quand même assez lamentable qu’il faille compter sur une députée écolo pour poser ce genre de question. Que font les autres? Le pire c’est qu’elle en profite pour pour mettre sur le même plan l’affaire du glyphosate où là elle a foncièrement tort.
    Christial (#13), arrêtez avec ces histoires de complotisme. C’est un concept inventé pour empêcher les gens d’aller fouiller ailleurs que dans les infos mainstream, pour les empêcher de s’exprimer et de réfléchir par eux-même. On a encore le droit de penser différemment des autres.

  8. eauchere (#15),
    Propos hallucinants de Rivasi mais le Point nous avait prévenu.

    Je m’interroge.
    Le cerveau de Rivasi a t-il été ravagé par l’idéologie écolo radicale ou, à l’inverse, un cerveau déjà atteint l’a t-il orienté vers cette idéologie ?
    A la réflexion c’est sans doute l’interaction des deux, une synergie aux effets incroyables. Rarement lu autant de sottises et d’illogismes assènés avec autant d’aplomb et d’assurance.

  9. eauchere (#15),
    Ah parce que poser des questions sur les (trop) nombreuses inconnues de ces « vaccins » c’est être complotiste ?

  10. Scaletrans (#17),

    Vu le genre de questions que vous vous posez, j’ai quelques doutes sur leur pertinence. Après ça, il y en a qui vous diront (vécu) qu’avec quelques prières et quelques messes tout s’arrangera.

    Je ne suis pas médecin ni virologue ou quoique ce soit du genre donc je fais confiance à ceux qui savent et la plupart des intervenants sur ce site n’en font pas partie par contre, j’écoute très attentivement ce que dit TL qui est, si je ne m’abuse, confronté à la réalité.

  11. Scaletrans (#17),

    j’ai quelques doutes sur leur pertinence

    Je pense qu’il y a des gens qui postent sur ce blog qui ont eu des pertes immenses , je ne préciserais pas laugh où elles se trouvent

  12. chercheur(#6)
    pour être dans la case immunodéprimé, nous retenons les critères suivants:
    1. transplantation ou greffe d’organe dans le mois suivant,
    2. Corticothérapie prolongée (0,5 mg/kg/j de prednisolone pendant au moins 30j) ou récente à haute dose (sup à 5 mg/kg/j pendant plus de 5j,
    3. Neutropénie (polynucléaire neutrophiles inf 500/m3 pendant plus de 2 semaines ou inf à 100 quelque soit la durée,
    i4. mmunodéficience acquis sévère

  13. Christial (#16), eauchere (#15),
    Fin des années 70 poussé par ma famille pour arrêter de fumer j’ai consulté un médecin homéopathe et acupuncteur très à la mode dans la bonne ville de Saverne.
    Au moment de payer j’ai aperçu dans sa sacoche un paquet de Gitane…
    Septique de nature je tenais ma preuve que ce gars était juste un charlatan qui s’enrichissait rapidement grâce a la crédulité des autres .

  14. Daniel (#23),

    dingue hein
    par contre, moi j’ai été rapidement remis sur pied avec l’homéopathie… oups l’effet placebo
    pour l’acupuncture , il y a des études récentes qui confirment la technique… mais uniquement si vous trempez les aiguilles dans l’eau bénite

    et pour le covid, bien sur, le doliprane reste l’étalon,on va commencer à essayer de soigner ,même si maintenant, des collectifs de médecins…oups de charlatans, doivent en appeler aux plus hautes juridictions pour que le « consensus médical » daigne jeter un oeil distrait , et réprobateur sur le dossier, car avec le scandale du remachin,l’avocat leur a un peu tordu le bras

    toute ressemblance avec la problématique climatique est purement fortuite bien sur

    je note que la clique malfaisante de la poele à frire est passée en stratégie »carpet bombing », dingue le matraquage incessant des Philipulus de bazar sur tous les médias

  15. eauchere (#25),
    Fin des années soixante-dix on n’avait aucun moyen de se renseigner et ça pullulait de pharmacies qui se mettaient à vendre de l’homéopathique comme aujourd’hui les épiciers du bio .
    On savait juste que c’est la dose qui fait le poison alors les histoires de mémoire de l’eau il y avait de quoi être très sceptique ….
    Qui aujourd’hui vas se renseigner sur des sites comme l’Afis ou celui de Marcel Kuntz sur les OGM ?
    http://www.marcel-kuntz-ogm.fr/

  16. joletaxi (#27),

    Comparer le médiator à l’homéopathie et l’acupuncture, vous rendez vous compte du ridicule de votre position ?

  17. eauchere (#30),

    dans un sens vous avez raison,le mediator, testé, certifié,en double aveugle a prouvé de façon incontestable lui, sa redoutable efficacité

  18. Eauchere c’est andqui et une taupe de l’AFIS, le truc de Breon copain des Nathan, Fiolet…
    C’est la boue macroniste.

  19. joletaxi (#31),

    vous ne comprenez pas, le médiator est un médicament qui a subi tous les essais nécessaires et qui a une efficacité prouvée laquelle induit forcément des effets négatif (principe d’action/réaction) alors que l’homéopathie tout comme l’acupuncture n’ont aucun effet prouvé (sauf placebo) mais aucun effet délétère (toujours selon le même principe). Il y a faute de la part de Servier car il a caché la nature antiphétaminique du médiator.

    https://fr.wikipedia.org/wiki/Affaire_du_Mediator

    La comparaison entre ce médicament et l’homéopathie et l’acupuncture est totalement ridicule et ne prouve qu’une chose, celui qui la fait ne sait absolument pas de quoi il parle. Avant de dire quoi que ce soit, on se renseigne d’abord.

    J’ai de plus en plus de doute sur le bien-fondé du scepticisme exprimé sur ce site.

  20. eauchere (#33),

    blablabla…votre avis ne m’intéresse pas,mais ce qui m’énerve c’est qu’il y a pas mal d’enclumes » dans votre genre,et que personnellement,j’aurai à subir toutes les idioties que votre clique réclame

    je pourrais raconter ici mes innombrables déboires que j’ai eu à subir avec votre médecine du consensus,
    laissons les gens décider ,avec les conseils éclairés des médecins, sur le traitement qu’ils estiment devoir essayer
    et je chercher toujours une explication à ce raisonnement idiot, d’interdire des médocs, connus, et surs,
    car en ce qui concerne le covid, comment justifier ces ukases, cet acharnement à démolir des traitements, ?
    un traitement, un vaccin,une opération, se préconise en fonction du bénéfice/risque
    les traitements proposés ne comportent aucun risque, sinon de vous guérir, en face vous avez du doliprane.
    on pourrait dire que ces « manoeuvres » sont ridicules, en fait elles sont criminelles

    il y avait hier soir un bon reportage sur les actions de la CIA, et effectivement, il ne saurait y avoir de complot,juste des coincidences, « heureuses »
    j’ai assisté, et expérimenté des choses « curieuses » avec l’homéopathie,et l’aromathérapie, même si je ne parviens à me faire à l’idée, certains médecins gagneraient à être curieux

    sinon, comment expliquez-vous, qu’un collectif de centaines de médecins doive avec le concours d’un avocat, recourir à la plus haute instance, pour que votre « médecine » consente à examiner un traitement(avec une mauvais volonté crasse d’ailleurs,et en mauvaise posture suite au scandale du « remachin », autorisé et acheté par le plus grand des hasards, juste avant un rapport définitif sur son inutilité)

    ne posons pas de questions,rantancastex a dit l’office, amen

  21. joletaxi (#34), AntonioSan (#32),
    J’ai proposé l’autre jour qu’on aille tous ensemble sur le site du tétard trempé , parce qu’il doit s’ennuyer puisque personne ne vient y poster
    Du coup je pense eauchere GED qui pour passer du temps doit venir ici pour se défouler et faire un peu de pub pour Marie Francoise ; en attendant , si vous manquez d’imagination vous allez sur son site et dans son fadiézé vous remplacez climato par écolo

  22. Vaccins et traitements contre la Covid : la France paye (cher) son science-bashing

    L’édito n’est, comme toujours, pas signé. Une chose est certaine, il n’a pas été rédigé par Stéphane Foucart, journaliste-militant écologiste très antiscience (hostile aux OGM, au glyphosate, etc.) bien connu de nos lecteurs. En effet, regrette Le Monde,

    Que la France soit quasi absente de ces découvertes, sauf de façon marginale ou à travers des scientifiques expatriés, en dit long sur l’absence de l’écosystème qui, aux Etats-Unis, permet de financer le « risque scientifique » et sur la difficulté, pour les groupes pharmaceutiques français, de laisser tout le temps nécessaire à des chercheurs pour explorer des pistes incertaines. L’amertume de ce constat est renforcée par la récente adoption par les députés d’une loi de programmation sur la recherche scientifique qui, à l’inverse, renforce les financements sur objectifs au risque d’affaiblir les amateurs de chemins de traverse.

    http://alerte-environnement.fr…..e-bashing/

  23. joletaxi (#34),

    Excusez moi, j’ai zappé votre commentaire.

    sinon, comment expliquez-vous, qu’un collectif de centaines de médecins doive avec le concours d’un avocat, recourir à la plus haute instance, pour que votre « médecine » consente à examiner un traitement(avec une mauvais volonté crasse d’ailleurs,et en mauvaise posture suite au scandale du « remachin », autorisé et acheté par le plus grand des hasards, juste avant un rapport définitif sur son inutilité)

    Je ne vais pas mettre de gants, dans toutes les communautés il y a 10% de c*ons comme dit Courtillot. Il y a aussi des complotistes parmi les médecins, comme il y en a chez les bouchers, les vendeurs d’aspirateurs, et même parmi des scientifiques reconnus.

  24. Vous avez raison. Vous êtes vraiment digne du Génie des Carpates et Danube de la Pensée..
    Que ferions-nous sans vos Lumières ?

  25. Ceux qui traitent de complotistes les gens qui ne qui ne pensent pas comme eux sont en fait de petits dictateurs. Les dictateurs redoutent les complots car le complot risque de les destituer. Les opposants et contradicteurs doivent être mis au pilori, car le débat, c’est eux, la vérité c’est eux, la pensée unique c’est eux.

  26. micfa (#42),
    Je me pose toujours la question qui dans cette affaire ( en fait il y en a deux , le climat et le covid ) est complotiste ; c’est nous ou ce sont les énarques ?
    Je ne vais pas les accuser d’être à l’origine du Rechauffement climatique actuel , ni d’avoir ensemencé la Terre avec le COVID . MAIS

    Après toutes les solutions idiotes , liberticides , inefficaces ,destructrices de notre économie , les mensonges du GIEC et de l’OMS, on peut se poser la question suivante : quelles sont les raisons de ces résolutions et de ces attitudes ; ils sont quand même aussi intelligents ou plus que nous ; mais si vous doutez encore allez sur CONTREPOINTS et regardez cela ; je n’ai pas répondu , mais je me pose la question comment cet article peut arriver sur ce site ; mais bon , ils ont leur Lumière comme nous on a notre eauchère

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