Persistance et évolution du SRAS-CoV-2 chez un hôte immunodéprimé

Traduction par Bernnard de https://www.nejm.org/doi/pdf/10.1056/NEJMc2031364?articleTools=true

Cet article avait été cité par AntonioSan dans le Bistrot à Corona. Comme le Professeur Raoult en parle dans sa dernière vidéo, il est d’autant plus intéressant d’en livrer une traduction. Pour l’instant, il n’est pas possible d’importer les images associées à l’article mais vous pouvez les consulter dans l’article original.

Un homme de 45 ans atteint du syndrome des antiphospholipides graves, compliqué par une hémorragie alvéolaire diffuse, qui recevait une anti-coagulation, des glucocorticoïdes, du cyclophosphamide, du rituximab intermittent et de l’eculizumab, a été admis à l’hôpital avec de la fièvre. (Fig. S1 de l’annexe supplémentaire, disponible avec le texte intégral de la présente lettre à NEJM.org). Le jour 0, la COVID-19 a été diagnostiquée au moyen d’un test de rétrotranscription de réaction de polymérase en chaîne du SRAS-CoV-2 (RT-PCR) sur un échantillon d’écouvillon rhino-pharyngé, et le patient a reçu un traitement de 5 jours de remdesivir (ill. S2). Les doses de glucocorticoïdes ont augmenté en raison d’une hémorragie alvéolaire diffuse présumée. Il a été libéré le jour 5 sans besoin d’oxygène supplémentaire.

Du 6e jour au 68e jour, le patient a été mis en quarantaine seul à la maison, mais pendant la période de quarantaine, il a été hospitalisé trois fois pour des douleurs abdominales et une fois pour de la fatigue et de la dyspnée. Les admissions ont été compliquées par une hypoxémie qui a causé des problèmes d’hémorragie alvéolaire diffuse récurrente et a été traitée avec des doses accrues de glucocorticoïdes. Les valeurs du seuil du cycle RT-PCR (Ct) du SRAS-CoV-2 sont passées à 37,8 le jour 39, ce qui suggère de résoudre l’infection (tableau S1). 2,3

Le jour 72 (4 jours après l’admission à un autre hôpital pour une hypoxémie), le test RT-PCR d’un écouvillon nasopho-érythémateux était positif, avec une valeur Ct de 27,6, ce qui causait une récidive de la COVID-19. Le patient a de nouveau reçu du remdesivir (un cours de 10 jours), et les tests RT-PCR subséquents ont été négatifs.

Le jour 105, le patient a été admis pour cellulite. Le jour 111, une hypoxémie s’est développée, nécessitant finalement un traitement à haut débit d’oxygène. Étant donné les risques d’hémorragie alvéolaire diffuse récurrente, l’immunosuppression du patient a été intensifiée (figures S1 à S3). Au jour 128, la valeur Ct du RT-PCR  était de 32,7, ce qui a causé des inquiétudes pour une deuxième récidive de la COVID-19, et le patient a reçu un autre traitement de 5 jours de remdesivir. Un test RT-PCR subséquent a été négatif. Étant donné le déclin respiratoire continu et la préoccupation d’une hémorragie alvéolaire diffuse continue, le patient a été traité par immunoglobuline intraveineuse, cyclophosphamide intraveineux et ruxolitinib quotidien, en plus des glucocorticoïdes.

Au jour 143, la valeur RT-PCR Ct était de 15,6, ce qui a suscité des inquiétudes pour une troisième réapparition de la COVID-19. Le patient a reçu un cocktail d’anticorps CoV-2 contre la protéine de l’épi SRAS-CoV-2 (Regeneron). Le jour 150, il a subi une intubation endo-trachéale à cause de l’hypoxémie. Un échantillon de lavage broncho-alvéolaire au jour 151 a révélé une valeur RT-PCR Ct de 15,8 et a fait pousser Aspergillus fumigatus. Le patient a reçu remdesivir et des agents antifongiques. Le jour 154, il est mort d’un choc et d’une insuffisance respiratoire.

Nous avons effectué des essais quantitatifs de la charge virale du SRAS-CoV-2 dans des échantillons respiratoires (nasopharyngés et expectorés) et dans le plasma, et les résultats concordaient avec les valeurs RT-PCR Ct, atteignant 8,9 log10 copies par millilitre (fig. S2 et tableau S1). Les études sur les tissus ont révélé les plus hauts niveaux d’ARN du SRAS-CoV-2 dans les poumons et la rate (figures S4 et S5).

L’analyse phylogénétique concordait avec une infection persistante et une évolution virale accélérée (figures 1A et S6). Les changements d’acides aminés étaient principalement dans le gène transitoire et le domaine de liaison des récepteurs, qui représentent respectivement 13 % et 2 % du génome viral, mais hébergeaient 57 % et 38 % des changements observés (fig. 1B). Des études d’infectivité virale ont confirmé la présence d’un virus infectieux dans des échantillons naso-pharyngés prélevés aux jours 75 et 143 (fig. S7). L’immuno-phénotypage et les réponses spécifiques aux lymphocytes B et T du SRAS-CoV-2 sont présentés dans le tableau S2 et les figures S8 à S11.

Figure 1 (page en face). SARS-CoV-2 Whole-Genome Viral Sequencing from Longitudinally Collected Nasopharyngeal Swabs.

Le panneau A montre un arbre phylogénétique à probabilité maximale avec des séquences de patients (flèche rouge) à quatre points temporels avec des niveaux élevés de charges virales du SRAS-CoV-2 (T0 indique les jours 18 et 25; T1 jours 75 et 81; T2 jours 128 et 130; et les jours T3 143, 146 et 152), ainsi que des séquences représentatives de l’État (États-Unis : MA), du pays (États-Unis : tous), de l’Asie, de l’Europe et d’autres (Afrique, Amérique du Sud et Canada). L’échelle représente 0,0001 substitutions de nucléotides par site. L’encart montre les valeurs du seuil du cycle RT-PCR (Ct) du SRAS-CoV-2 RT-PCR naso-pharyngé et lavage broncho-alvéolaire; la ligne pointillée horizontale représente le seuil de positivité à 40, et les lignes pointillées rouges verticales représentent les jours de séquençage viral (jours 18, 25, 75, 81, 128, 130, 143, 146 et 152). Le panneau B montre les emplacements des suppressions et des mutations synonymes et non synonymes chez le patient à T1, T2 et T3 par rapport à T0. CP dénote le domaine cytoplasmique, l’enveloppe E, le peptide de fusion FP, le HR1 heptad repeat 1, HR2 heptad repeat 2, N nucleocapsid, NTD N-terminal domain, ORF open reading frame, RBD ­receptor-binding domain, RdRp RNA-dependent RNA polymerase, S1 subunit 1, S2 subunit 2, et TM transmembrane domaine.

Bien que la plupart des personnes immunodéprimées éliminent efficacement l’infection au SRAS-CoV-2, ce cas met en évidence le potentiel d’infection persistante et d’accélération de l’évolution virale associée à un état immunodéprimé.

 

Le bistrot 2021, sans couvre-feu

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